Филиал имеет тесные научные контакты с учреждениями как внутри страны, так и за его пределами. Научные контакты не ограничиваются профильным направлением, а затрагивают такие стороны, как сотрудничество в области использования и внедрения естественнонаучных методов в археологии, разработка методологии и методических рекомендаций, а также повышение квалификации и образование в области археологии.
Сотрудничество осуществляется по таким основным направлениям, как сотрудничество в научной и аналитической сфере; сотрудничество в области образования и повышения квалификации научных сотрудников; сотрудничество в области охраны и использования памятников историко-культурного наследия, в том числе в области первичной консервации и реставрации памятников, а также музеефикации.
Одним из основных европейских партнеров Филиала является такая организация, как Музей горного дела (г. Бохум, ФРГ). Совместно с немецкими коллегами ведутся научные работы в области изучения древней металлургии и горного дела. Сотрудники названного музея совместно с Филиалом активно проводят геофизические исследования на древних рудниках Евразийской горно-металлургической провинции.
Филиал имеет тесные научные контакты с российскими научно-исследовательскими институтами и лабораториями, среди которых необходимо отметить Институт антропологии и этнологии им. Н.Н. Миклухо-Маклая РАН, совместно с которым Филиал проводит исследовательские работы в области антропологии.
Приоритетны исследовательские работы в области изучения техники и технологии древних керамических коллекций Казахстана, которые Филиал проводит совместно с сотрудниками Оренбургского государственного педагогического университета.
В числе главных партнеров в области научном сотрудничества - лаборатории стран Азии, это такие учреждения Республики Корея, как Национальный исследовательский Институт культурного наследия, Eurasia Digital Heritage Laboratory, а также Institute for cultural and Regional Studies при Hanyang University. В целом Филиал перенимает у азиатских коллег опыт организации музеев, сохранения памятников, а также первичной консервации и реставрации памятников.
Конечно же, главными партнерами в изучении культурного наследия являются исследовательские институты Казахстана, среди которых необходимо назвать Институт геологических наук им. К.И. Сатпаева. Совместно с научными сотрудниками этого Института Филиал проводит палинологические, палеоклиматические исследования, а также петрографию каменных изделий и орудий.
Новым и поистине важным направлением сотрудничества можно назвать палеогенетические исследования, которые проводятся совместно с сотрудниками отечественных лабораторий, а именно с учеными Назарбаев университета.
В заключение нужно отметить, что Филиал открыт для всех научных контактов и сотрудничества и не ограничивается профильным направлением, находясь в постоянном поиске новых решений проблем изучения древней истории и археологии.